從屬不同：牡蠣的種類有很多，生蠔是其中的一種，可以說生蠔是牡蠣，卻不能說牡蠣是生蠔，兩者是從屬關係，是生蠔從屬於牡蠣。
個頭不同：生蠔的個頭較大，大生蠔加上可重量可以達到一斤多；而其他品種的牡蠣的個頭很小，有成人的一小節拇指那麼大。
生長環境不同：生蠔一般生活在比較少見的江河和大海的交匯處，在半鹹半淡的內灣淺海上，由於生長環境有所限制，所以產量很少；而牡蠣在我國自渤海、黃海至南沙群島均產，約有20種。
肉質顏色不同：生蠔的肉質是乳白色的；而有些品種的牡蠣肉質是淡青色的。
含鋅量不同：生蠔的含鋅量很高，每一百克的含鋅量為71.2毫克，比牡蠣高出了七八倍，被稱為“海里的牛奶”。
【鋅含量】兩者的差別是非常巨大的。 根據楊月欣主編《中國食物成分表》（北京大學醫學出版社2002年出版），每100g生蠔（不包括殼的重量，含水）含鋅71.2mg，而同樣重量的牡蠣（編碼12-4-108，不包括殼的重量，含水82%）含鋅只有9.39mg，生蠔是普通牡蠣的7.6倍。就鋅含量而言（尤其是考慮到其水含量較高），生蠔絕對是佼佼者，遙遙領先於其他天然食物，再無一種食物可以望其項背。
【特徵】 大連地區的牡蠣是“大連灣牡蠣”，呈類三角形，背腹緣呈八字形，右殼外面淡黃色，具疏鬆的同心鱗片，鱗片起伏成波浪狀，內面白色。 生蠔是牡蠣品種中個頭比較大的一種，個頭大的一個帶殼的就能在一斤以上，它一般是生長或者是養殖在江河與大海交融之處，在半鹹半淡的內灣淺海上。酒店裡個頭很大的牡蠣，遠大於街頭購買的普通海蠣子，可能就是這個生蠔。
【生存環境】 按兩廣沿海的說法,牡蠣和生蠔是兩種完全不同的東西,牡蠣較小,生長在海邊的機礁石或其他硬物上,要用小鋤挖開才能取其肉,其肉大多是淡青色;而生蠔一般稱“大蠔,”其肉白色,有野生和人工養殖的,其殼和肉都較大,可煮可炸可烤,常見的燒生蠔就是此物. 大蠔也是一種海鮮，學名近江牡蠣，是欽州四大名貴海產之一，肉可鮮食，亦可加工成蠔豉、蠔油。蠔肉蛋白質含量超過40％，營養豐富，味道鮮美，素有“海中牛奶”之稱，同時還可入藥
1、牡蠣俗稱海蠣子，而生蠔只是牡蠣一個品種，它們的區別在於，生蠔比普通的牡蠣個頭大，帶殼可在一斤以上。生蠔一般生長或人工養殖在江河與大海交匯處，半鹹半淡的淺彎內，由於條件受限，所以價格比普通牡蠣貴。牡蠣較小，生長在海邊的機礁石或其他硬物上，要用小鋤挖開才能取其肉，其肉大多是淡青色。
2、從營養價值上，生蠔的含鋅量是普通牡蠣的7-8倍，富含多種對人體有益的營養成分，被譽為海底牛奶。另外，就蛋白質含量來說，生蠔的蛋白質含量也比普通牡蠣高一些，可以達到45%~56%。所以生蠔比普通的牡蠣，營養價值要高出許多。
3、生蠔一般是生長或者是養殖在江河與大海交融之處，在半鹹半淡的內灣淺海上。由於生長條件的限制，它的數量就比其他品種要少，因此在價格上就貴些。且偏熱帶的海蠣子的口感不如冷海水中的海蠣子美味，所以更多人喜歡吃北方的海蠣子。