1、直言受宮刑，天漢二年李陵事件，司馬遷一方面安慰武帝，一方面痛恨那些見風使舵的大臣，盡力為李陵辯護，他的直言觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，諷刺勞師遠征、戰敗而歸的李廣利，下令將司馬遷打入大牢，司馬遷被關進監獄，忍受各種肉體和精神上的殘酷折磨；
2、受腐刑，司馬遷官小家貧，拿不出這麼多錢贖罪。腐刑既殘酷地摧殘人體和精神，也極大地侮辱人格。悲痛欲絕的他甚至想到了自殺。面對最殘酷的刑罰，司馬遷痛苦到了極點，他沒有怨恨，沒有害怕。是以腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所往。
1、直言受宮刑，天漢二年李陵事件，司馬遷一方面安慰武帝，一方面痛恨那些見風使舵的大臣，盡力為李陵辯護，他的直言觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，諷刺勞師遠征、戰敗而歸的李廣利，下令將司馬遷打入大牢，司馬遷被關進監獄，忍受各種肉體和精神上的殘酷折磨；
2、受腐刑，司馬遷官小家貧，拿不出這麼多錢贖罪。腐刑既殘酷地摧殘人體和精神，也極大地侮辱人格。悲痛欲絕的他甚至想到了自殺。面對最殘酷的刑罰，司馬遷痛苦到了極點，他沒有怨恨，沒有害怕。是以腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所往。
《太史公自序》是《史記》的最後一篇，是《史記》的自序，也是司馬遷的自傳，人們常稱之為司馬遷自作之列傳。不僅一部《史記》總括於此，而且司馬遷一生本末也備見於此。文章氣勢浩瀚，宏偉深厚，是研究司馬遷及其《史記》的重要資料。
太史公自序由三部分組成：
第一部分：歷敘世系和家學淵源，並概括了作者前半生的經歷。
第二部分：利用對話的形式，鮮明地表達了作者撰寫《史記》的目的，是為了完成父親臨終前的囑託，以《史記》上續孔子的《春秋》，並透過對歷史人物的描繪、評價，來抒發作者心中的抑鬱不平之氣，表白他以古人身處逆境、發憤著書的事蹟自勵，終於在遭受宮刑之後，忍辱負重，完成了《史記》這部鉅著。
第三部分：是《史記》一百三十篇的各篇小序。全序規模宏大，文氣深沉浩瀚，是《史記》全書的綱領。
他生於公元前145年，受宮刑的時候是公元前96年，那時已經46歲。有兩個兒子，但是司馬遷的後人不姓司馬。 在司馬遷受害以後司馬遷的夫人為了不讓兩個孩子受迫害讓其中的一個孩子姓同，也就是在司的左邊多家一個豎 變成同，而把另一個兒子改成姓馮，也就是在馬的左邊加上兩點水。這樣，才免去一劫。所以司馬遷有孩子 有後人， 但是司馬遷的後人大都姓同和馮。