1、對於農民在其宅基地上建造的房屋應該本著盤活資產，最大化物盡其用的原則，允許小產權房的自由流轉。但是因為小產權房是建設在集體土地上的，所以在這個集體內的成員享有優先購買小產權房的權利。外人購買則應當繳納相應的土地使用費。
目前來講，宅基地上的土地流轉和社會保障息息相關。所以在處理此類問題時，首先一個重要原則就是不危及農民基本的生存權。在農民的基本權益得以保障後再允許其他的房屋流轉。也許這是一個解決問題的辦法。
2、對於鄉鎮企業透過合法的審批程式為自己職工建造的住宅，應該允許它流通。透過這樣的方式可以不斷地促進城鄉一體化的發展，有利於帶動各項產業的發展，為解決三農問題也提供一些新的思路。當然，在允許流轉的同時，企業內部成員具有優先權。
3、對於那些違反土地規劃建造在建設用地上的房屋，它屬於違法建築，但是畢竟沒有對耕地面積造成很大的侵佔，所以在追究其法律責任的時候可以多方面綜合考量，透過補辦相關手續讓其合法化，進而能夠正常地進行流轉。
4、倘若是侵佔了耕地建造的小產權房，那麼應該堅決拆除，禁止此類事件的發生。一定要讓此類小產權房不能有一絲流轉可能。
小產權房到期後處理方式如下：
小產權證房子是隻可以自己住，不能買賣的房子，是國家允許的分給的補助性質的住房。只要到了年限，國家就要收回，也就是房子不再屬於業主。如果比較滿意房屋的位置以及效能等，可以購買下來，辦大產權證。到時候到了年限，只要交房產稅即可。
無論商品房還是小產權房的房子所謂產權都是這塊土地的性性質決定的，土地主要分為住宅用地和商業工地還有工業用地，住宅用地一般是70年，商業用地一般是50年，工業用地一般是40年，按照目前的對房子到期後的處理意見是：土地到期後如果房子經過檢測後還可正常使用的，可以補交土地稅來獲得繼續使用房子的權利。
相關說明：
小產權房是指在農村集體土地上建設的房屋，未辦理相關證件，未繳納土地出讓金等費用，其產權證不是由國家房管部門頒發，而是由鄉政府或村頒發，亦稱“鄉產權房”。“小產權房”不是法律概念，是人們在社會實踐中形成的一種約定俗成的稱謂。購房合同在國土房管局不會給予備案。
不建議購買小產權房，買小產權房是不受法律保護的，一旦發生房產糾紛難以維權。小產權房只有鄉政府頒發的房產證，並沒有國家所頒發的真正意義上的房產證，它的一切商業活動都會受到限制。
《土地管理法》第六十三條規定，農民集體所有的土地的使用權不得出讓、轉讓或者出租用於非農業建設;但是，符合土地利用總體規劃並依法取得建設用地的企業，因破產、兼併等情形致使土地使用權依法發生轉移的除外。